In der Juniorenabteilung spielen in der aktuellen Saison 15 Mannschaften für den FC Nottwil.
In der Saison 2024/25 ist der FC Nottwil mit je einer Mannschaft bei den Junioren A und B vertreten. Bei den C- und D-Junioren wird mit je zwei respektive drei Teams und bei den E-Junioren mit vier Teams am Meisterschaftsbetrieb teilgenommen.
Die F-Junioren-Teams bestreiten keine Meisterschaft, sie nehmen dafür an mehreren Turnieren teil. Diese Turniere finden an mehreren Samstagen/Sonntagen pro Saison statt und werden von den Vereinen organisiert.